Během rekonstrukce budou vytvořeny nové výstavní prostory v suterénu, vyhlídka v kopuli a tunel spojující historickou budovu s objektem bývalého Federálního shromáždění. Celkem bude rekonstrukce stát 4,5 miliardy korun.

Dnes i ve čtvrtek bude budova otevřena až do 20:00, ve čtvrtek bude navíc vstup zdarma. V poslední den čeká na návštěvníky také několik překvapení. O hudební atmosféru se postará DJ, který bude mixovat klasickou hudbu především skladatele Antonína Dvořáka, kterému je věnována současná výstava v Českém muzeu hudby. V Pantheonu se budou promítat filmy o expozicích Národního muzea, ve foyer budou pracovníci z jednotlivých objektů muzea lákat na další expozice. Představen bude projekt speciálních muzejních pasů.

Ještě před začátkem rekonstrukce bude nutné vystěhovat z budovy exponáty. Náklady na balení a stěhování si vyžádají přes 90 milionů korun. Tisíce předmětů se už měsíce stěhují do depozitářů v Terezíně a Horních Počernicích. Po dobu rekonstrukce v muzeu zůstane jen několik exponátů z přírodovědeckých sbírek, například kostra velryby, vypreparovaný slon a žirafa. Kostra velryby je totiž ve špatném stavu, slon a žirafa jsou zase příliš velcí a neprošli by dveřmi ven.

Vedení muzea slibuje, že po opravě budova nabídne větší komfort, lepší zázemí i modernější výstavy. Pantheon v prvním patře i nadále připomene významné muže a ženy české vědy, společenského života a umění. Ve druhém patře vznikne interaktivní centrum pro studenty a mládež.