Od ostatních sedmi se ale odlišuje nejen tím, že se plně věnuje vědecké činnosti. Je z nich zároveň nejstarší a nejslavnější. Před více než 100 lety ji na kopci zvaném Manda založil Josef Jan Frič. Do provozu byla uvedena v noci na 2. srpna 1906. "Ondřejovská observatoř je ve světě dobře známa, její pozorovací programy jsou propojeny s programy jiných světových center, ale například i s programy kosmickými," řekl její ředitel Petr Heinzel. Mezi úspěchy vyjmenoval třeba takzvaný Příbramský meteorit. Šlo o zcela unikátní případ nalezení meteoritů po předchozím určení jejich dráhy v zemské atmosféře, a z toho i místa dopadu. Podobný úspěch zaznamenali ondřejovští vědci také nedávno, když objevili meteorit Neuschwanstein v Bavorsku. Podle Heinzela má hvězdárna velkou tradici ve výzkumu Slunce a jeho aktivity a vlivů na Zemi. Vědci studují zejména sluneční erupce. Zakladatelem tohoto směru v Ondřejově byl Zdeněk Švestka, který se zúčastní i nadcházejícího srpnového pražského kongresu Mezinárodní astronomické unie (IAU). V Praze IAU zasedala už v roce 1967 a Ondřejovští při této příležitosti uvedli do provozu velký dalekohled se zrcadlem o průměru dva metry. Pomocí něj zdejší astronomové objevili například takzvané dvojhvězdy s obálkami a získali řadu významných informací o hvězdných soustavách. Hvězdárně se poměrně daří modernizovat přístrojové vybavení, a to z peněz akademie věd, grantů, případně od ministerstva školství. S jejich pomocí třeba zmodernizovala dvoumetrový dalekohled, dva sluneční dalekohledy se spektrografy a rádiové teleskopy. Postavila nové tzv. bolidové kamery na automatické fotografování velmi jasných meteorů. Jednu z nich vystaví i ve stánku astronomického ústavu na pražském kongresu. Podařilo se jí také zkonstruovat některé kosmické přístroje. Prostředky vložené do modernizace se v posledních letech podle Heinzela pohybují v řádech milionů až desítek milionů korun. Ondřejovská observatoř úzce spolupracuje i s českými lidovými hvězdárnami. Její astronomové se například s kolegy z Úpice podílejí na výzkumu Slunce při úplných zatměních. Během letních měsíců lze ondřejovskou hvězdárnu navštívit každou sobotu a neděli. Výjimkou bude víkend 19. a 20. srpna, kdy se v ní uskuteční exkurze pro účastníky kongresu IAU. Náhradou za toto omezení se observatoř otevře mimořádně i ve všední dny od 14. do 25. srpna.